Il Tribunale Amministrativo Regionale, nell'esaminare il ricorso proposto da Giotto 09 S.r.l. avverso il provvedimento di improcedibilità dell'istanza di permesso di costruire, ha affermato i seguenti principi di diritto: 1. L'art. 10-bis della legge n. 241/1990 impone all'amministrazione di indicare espressamente, nella motivazione del provvedimento finale, le ragioni per le quali la documentazione integrativa depositata dall'interessato a seguito della comunicazione dei motivi ostativi all'accoglimento dell'istanza sia stata ritenuta ancora insufficiente. L'omissione di tale indicazione determina la violazione della norma. 2. L'organo dirigenziale competente al rilascio del permesso di costruire, ai sensi degli artt. 107 del D.Lgs. n. 267/2000 e 13 del D.P.R. n. 380/2001, non può fondare il provvedimento negativo sulla volontà manifestata dall'organo di indirizzo politico (nella specie, il Sindaco) di non dare seguito agli interventi relativi all'area di proprietà del privato, in ragione della preferenza per l'attuazione del vigente PGT in luogo del Piano Casa regionale. Tale circostanza integra un vizio di eccesso di potere. 3. In tema di risarcimento del danno da ritardo nell'adozione del provvedimento, l'onere di provare l'effettiva sussistenza e l'entità del pregiudizio patrimoniale subito grava sul ricorrente, non essendo sufficiente la mera allegazione di spese sostenute né consentendo la liquidazione equitativa in assenza di una dimostrazione certa o altamente probabile del danno.