Il silenzio-assenso si forma anche in assenza di conformità urbanistica del progetto, poiché il perfezionamento della fattispecie legale del silenzio, equiparato dal legislatore ad un atto favorevole, deve essere distinto dalla legittimità degli effetti che ne derivano. Pertanto, il silenzio-assenso si forma anche quando il progetto non sia pienamente conforme alla disciplina urbanistico-edilizia vigente, fermo restando la possibilità di impugnare successivamente gli effetti del silenzio-assenso formatosi o di esercitare i poteri di autotutela da parte della pubblica amministrazione. Tale principio si applica anche nel caso di richiesta di permesso di costruire, laddove il termine previsto per il rilascio espresso del provvedimento sia decorso senza che l'amministrazione abbia adottato alcuna determinazione. In tali ipotesi, il silenzio-assenso si perfeziona indipendentemente dalla conformità urbanistica del progetto, salvo il successivo sindacato sulla legittimità degli effetti che ne derivano. Ciò al fine di garantire la certezza dei rapporti giuridici e la semplificazione dell'azione amministrativa, principi cardine dell'istituto del silenzio-assenso, introdotto dal legislatore proprio per evitare che il mancato esercizio del potere entro il termine previsto si traduca in un diniego implicito della domanda.