Il Comune è tenuto a provvedere espressamente sull'istanza di permesso di costruire presentata dal privato per la riqualificazione di un fabbricato, anche in caso di decorso del termine per il rilascio del provvedimento, in quanto l'istanza reca un interesse pretensivo tutelato dalla legge. Ove il Comune persista nell'inerzia, il giudice amministrativo può nominare un commissario ad acta per l'adozione del provvedimento, con addebito delle relative spese a carico dell'Amministrazione inadempiente. Il silenzio-assenso non opera laddove permangano aspetti controversi che richiedono un esplicito pronunciamento dell'ente locale, come nel caso di dubbi sulle aree da adibire a standard urbanistici. L'obbligo di provvedere espressamente sussiste anche quando l'Amministrazione abbia già comunicato un preavviso di rigetto ai sensi dell'art. 10-bis della legge n. 241/1990, in quanto tale interlocuzione procedimentale non esaurisce il dovere di concludere il procedimento con un provvedimento espresso.