Il provvedimento amministrativo di diniego o di improcedibilità di un'istanza presentata dall'interessato deve essere adeguatamente motivato, nel rispetto del principio di trasparenza e del diritto di difesa. L'amministrazione non può semplicemente disattendere le ragioni esposte dall'istante senza fornire una congrua e logica giustificazione del proprio operato. Inoltre, l'amministrazione non può ritenere improcedibile un'istanza per il solo fatto che non sia stata presentata attraverso il SUAP, quando tale modalità non sia espressamente prevista dalla legge come requisito di procedibilità. Il giudice amministrativo, nel valutare la legittimità del provvedimento impugnato, deve verificare la correttezza e la ragionevolezza dell'iter logico-giuridico seguito dall'amministrazione, nonché il rispetto dei principi di buon andamento e imparzialità dell'azione amministrativa. Ove riscontri vizi o carenze motivazionali, il giudice è tenuto ad annullare il provvedimento impugnato, al fine di tutelare la posizione giuridica del ricorrente e garantire il corretto esercizio della funzione amministrativa.