Il Tribunale Amministrativo Regionale per la Puglia, Sezione Terza, ha stabilito i seguenti principi di diritto: 1. Il silenzio-assenso su una domanda di permesso di costruire non si forma qualora non ricorrano tutte le condizioni, i requisiti e i presupposti richiesti dalla legge, in particolare se la fattispecie rappresentata non sia conforme a quella normativamente prevista. Il silenzio-assenso richiede non solo il decorso del tempo senza l'adozione di un provvedimento espresso negativo, ma anche l'esistenza del presupposto sostanziale della piena conformità delle opere alla regolamentazione urbanistica. 2. Le disposizioni di un Piano di Recupero del Centro Storico, avente natura di "piano-programma" riguardante solo le "perimetrazioni" ed il recupero del patrimonio edilizio storico esistente, non sono soggette a decadenza e rimangono efficaci a tempo indeterminato, costituendo le regole determinative/conformative del contenuto della proprietà delle aree incluse nel piano attuativo. 3. L'Amministrazione comunale, nell'adottare un atto di pianificazione territoriale avente rilevanza generale come il Piano Urbanistico Generale (PUG), non è tenuta a dare specifica motivazione delle singole scelte operate, che trovano giustificazione nei criteri generali di impostazione del piano, in applicazione dell'art. 3, comma 2, della L. n. 241/1990. 4. Il rilascio del permesso di costruire da parte della Pubblica Amministrazione è subordinato al mero riscontro della conformità del progetto edilizio presentato alla normativa urbanistica, configurandosi come attività vincolata. Pertanto, l'Amministrazione può imporre prescrizioni, come la demolizione senza ricostruzione di parti di edifici, in conformità alle previsioni del Piano di Recupero del Centro Storico e del PUG.