La Soprintendenza può annullare l'autorizzazione paesaggistica rilasciata dal Comune qualora riscontri vizi di legittimità nell'istruttoria e nella motivazione del provvedimento comunale, senza che ciò comporti un indebito riesame di merito da parte dell'organo ministeriale. L'art. 159, comma 2, del d.lgs. n. 42/2004 prevede che la comunicazione del rilascio dell'autorizzazione paesaggistica da parte del Comune costituisce avviso di avvio del procedimento di controllo da parte della Soprintendenza, senza che sia necessaria una ulteriore comunicazione di avvio ai sensi della l. n. 241/1990. Il termine di 60 giorni per l'esercizio del potere di annullamento da parte della Soprintendenza decorre dalla ricezione della completa documentazione trasmessa dal Comune. Pertanto, il provvedimento di annullamento emesso dalla Soprintendenza nel rispetto di tali termini e previa adeguata motivazione in ordine alle carenze istruttorie e di motivazione riscontrate nell'autorizzazione comunale, non è illegittimo per violazione del termine o difetto di comunicazione di avvio del procedimento. La Soprintendenza, infatti, può evidenziare le ragioni di merito che concludono per la non compatibilità delle opere realizzate con i valori paesaggistici tutelati, al fine di supportare l'accertamento dei vizi di legittimità dell'autorizzazione comunale, senza con ciò sostituire la propria valutazione di merito a quella dell'ente territoriale.