Il silenzio serbato dall'amministrazione comunale sull'istanza di rilascio del permesso di costruire in variante, decorsi i termini di legge, non configura un silenzio-rifiuto, ma un silenzio-inadempimento, che determina l'obbligo dell'amministrazione di provvedere espressamente sulla domanda, anche su richiesta dell'interessato. Tale obbligo di provvedere discende dalla legge, in particolare dall'art. 2 della legge n. 241/1990 e dall'art. 20 del d.P.R. n. 380/2001, che impongono all'amministrazione di concludere il procedimento mediante l'adozione di un provvedimento espresso e motivato. Inoltre, il principio di buona amministrazione e di tutela dell'affidamento del privato impongono all'amministrazione di pronunciarsi, indipendentemente dal decorso dei termini, tutte le volte in cui ragioni di giustizia ed equità lo richiedano. Pertanto, il giudice amministrativo, in presenza di un silenzio-inadempimento, può ordinare all'amministrazione di provvedere espressamente sulla domanda, senza poter tuttavia sindacare direttamente la fondatezza della stessa, salvo che si tratti di attività vincolata o in assenza di ulteriori margini di discrezionalità. In tali casi, il giudice può anche dichiarare la fondatezza dell'istanza, in applicazione dell'art. 2, comma 5, della legge n. 241/1990 e dell'art. 31 del codice del processo amministrativo.