Il diniego di condono edilizio è illegittimo se l'amministrazione non valuta correttamente la situazione dei vincoli urbanistici e paesaggistici esistenti al momento della decisione sulla domanda di sanatoria, omettendo di coordinare adeguatamente i diversi atti e provvedimenti rilevanti, e non considera la possibilità di una sanatoria parziale per le opere realizzate in epoca anteriore all'imposizione dei vincoli. Infatti, ai fini del diniego di condono ex art. 33 della legge n. 47/1985, non è sufficiente che sull'area gravasse un vincolo di inedificabilità assoluta imposto anteriormente alla realizzazione dei lavori, ma è necessario che tale vincolo persista al momento della decisione sulla domanda di condono. Inoltre, qualora il progetto sia scindibile in opere realizzate in tempi diversi, l'amministrazione deve valutare la possibilità di una sanatoria parziale per le parti del progetto che non risultano in contrasto con la disciplina urbanistica e paesaggistica vigente al momento della decisione. Il silenzio-assenso non opera, invece, quando vengono in rilievo immobili soggetti a vincolo, poiché in tal caso il termine di 24 mesi per il rilascio del provvedimento espresso non può decorrere se non dopo che sia stato formulato il parere del soggetto preposto alla gestione del vincolo.