Il silenzio-assenso si forma sull'istanza di rilascio del permesso di costruire decorso inutilmente il termine previsto dalla legge, anche in caso di precedente presentazione dell'istanza in epoca antecedente alla modifica normativa che ha introdotto tale istituto, in applicazione del principio del tempus regit actum. La formazione del silenzio-assenso rende illegittimo il successivo provvedimento di diniego adottato dall'amministrazione comunale, salvo il potere di annullamento di ufficio entro i termini di legge. La disciplina regionale che prevede l'attivazione di poteri sostitutivi regionali in caso di inerzia comunale non esclude l'operatività del silenzio-assenso, ma si aggiunge ad esso come rimedio alternativo. La motivazione del provvedimento amministrativo non può essere integrata nel corso del giudizio, dovendo la stessa precedere e non seguire l'adozione dell'atto, in ossequio ai principi di buon andamento e di delimitazione del controllo giurisdizionale. Le spese di giudizio seguono la soccombenza e sono poste a carico dell'amministrazione comunale, con obbligo di rimborso del contributo unificato versato.