L'Amministrazione, una volta formatosi il provvedimento favorevole tacito con il meccanismo del silenzio-assenso, ha l'obbligo di pronunciarsi in sede di eventuale annullamento in autotutela, prendendo in considerazione e valutando in necessario contraddittorio con l'interessato una serie di elementi essenziali ai fini dell'adozione dell'atto di secondo grado, quali i motivi di pubblico interesse che impongono l'annullamento del silenzio formatosi, il decorso del tempo che ha creato affidamento nel privato, i presupposti di legittimità. Pertanto, qualora l'Amministrazione, nel provvedimento di annullamento in autotutela, non enunci adeguatamente le ragioni sottese alle prescrizioni imposte, in particolare quando queste incidono negativamente sulla funzionalità dell'edificio in relazione alla sua destinazione d'uso, il provvedimento è affetto da carenza di istruttoria e motivazione e, conseguentemente, è da annullare.