Il diritto di presentare una domanda di permesso di costruire in sanatoria costituisce una facoltà riconosciuta al privato, il cui esercizio non può essere arbitrariamente negato dall'amministrazione. L'accoglimento o il rigetto di tale domanda deve essere adeguatamente motivato dall'autorità competente sulla base di una valutazione puntuale della conformità dell'opera abusiva alla normativa urbanistica ed edilizia vigente. Il provvedimento di diniego, qualora non sorretto da idonee argomentazioni giuridiche, può essere impugnato dal privato dinanzi al giudice amministrativo, il quale è chiamato a verificare la legittimità dell'azione amministrativa e, in caso di accertata illegittimità, ad annullare il provvedimento impugnato. Il principio di legalità e il diritto di difesa del privato impongono all'amministrazione di esercitare i propri poteri in modo conforme alla legge e di garantire al cittadino la possibilità di tutelare le proprie ragioni in sede giurisdizionale. La cessazione della materia del contendere, intervenuta a seguito del raggiungimento di un accordo tra le parti, non pregiudica la possibilità per il giudice di pronunciarsi sulla legittimità dell'azione amministrativa, al fine di chiarire i principi di diritto applicabili e orientare l'attività futura dell'amministrazione. Il bilanciamento tra l'interesse pubblico alla corretta gestione del territorio e il diritto del privato di ottenere il riconoscimento della propria posizione giuridica costituisce un elemento essenziale nell'esercizio della discrezionalità amministrativa in materia edilizia e urbanistica.