Il diniego di un permesso di costruire deve essere adeguatamente motivato, con riferimento specifico alle disposizioni normative e alle previsioni degli strumenti urbanistici che si assumono ostative al rilascio del titolo, in modo da consentire all'interessato di comprendere gli impedimenti alla realizzazione dell'opera e di confutarne in giudizio la legittimità in maniera consapevole ed esaustiva. Un provvedimento di diniego che si limiti a un'apodittica affermazione di contrasto dell'attività edilizia con lo strumento urbanistico, senza alcuna argomentazione che chiarisca la non compatibilità dell'opera con le singole prescrizioni di piano preposte a tutela dell'ordinato sviluppo del territorio, risulta viziato da carenza di motivazione. Qualora l'amministrazione non adempia spontaneamente all'obbligo di riaprire il procedimento e di esitare l'istanza con un provvedimento espresso privo dei vizi motivazionali riscontrati, il giudice amministrativo può nominare un commissario ad acta per l'esecuzione della sentenza, condannando altresì l'amministrazione inadempiente al pagamento di una somma di denaro a titolo di penalità di mora per ogni ulteriore ritardo nell'ottemperanza.