Il diniego di un permesso di costruire da parte della pubblica amministrazione deve essere adeguatamente motivato, nel rispetto del principio di trasparenza e del contraddittorio procedimentale. Qualora l'amministrazione non abbia fornito le motivazioni per il mancato accoglimento delle osservazioni presentate dal richiedente, in violazione degli artt. 10-bis e 3 della legge n. 241/1990, il provvedimento di diniego è illegittimo. Inoltre, il diniego deve essere conforme alla normativa urbanistica vigente, in particolare per quanto riguarda gli indici di fabbricabilità. Qualora l'amministrazione accerti che il terreno del richiedente ha una superficie sufficiente per la realizzazione del progetto secondo gli indici di fabbricabilità previsti, non può negare il permesso di costruire adducendo una presunta servitù non aedificandi sulla particella, senza adeguata motivazione. In tali casi, il provvedimento di diniego è illegittimo per violazione di legge ed eccesso di potere, e l'amministrazione è tenuta a riesaminare la domanda di permesso di costruire, conformandosi ai rilievi del giudice amministrativo.