Il decorso del termine di 24 mesi dalla presentazione dell'istanza di condono edilizio, in assenza di una tempestiva pronuncia dell'Amministrazione, comporta la formazione del silenzio assenso, il quale non può essere superato da provvedimenti successivi di diniego, salvo che per sopravvenuti motivi di interesse pubblico o di tutela di interessi privati prevalenti. Tuttavia, qualora l'Amministrazione abbia determinato, con propri provvedimenti autoritativi, una modifica sostanziale dello stato dei luoghi oggetto dell'istanza di condono, tale da rendere inscindibile l'intervento abusivo originario dalla successiva trasformazione imposta dall'Autorità, il diniego dell'istanza di condono risulta illegittimo per difetto di istruttoria, illogicità manifesta ed errore sui presupposti, in quanto l'Amministrazione non può addurre a giustificazione del rigetto circostanze di fatto da essa stessa cagionate. In tali casi, l'Amministrazione è tenuta a valutare la possibilità di accogliere l'istanza di condono, eventualmente limitatamente alla parte di intervento effettivamente realizzato dal privato, senza poter imporre al medesimo l'onere di ripristinare lo stato dei luoghi, in quanto ciò determinerebbe un'ingiustificata traslazione dei costi conseguenti alle proprie determinazioni.