Il rilascio di un permesso di costruire in sanatoria non preclude all'amministrazione comunale l'esercizio del potere di annullamento d'ufficio ai sensi dell'art. 21-nonies della legge n. 241/1990, purché tale potere sia esercitato entro un termine ragionevole e sia adeguatamente motivato in ordine all'interesse pubblico concreto ed attuale che giustifica la rimozione del provvedimento favorevole, tenendo conto degli interessi dei destinatari e dei controinteressati. La mera illegittimità del titolo edilizio non è sufficiente a giustificare l'annullamento, essendo necessario che l'amministrazione evidenzi la sostanziale difformità del manufatto rispetto alla normativa urbanistica vigente, non essendo sufficiente il mero richiamo a violazioni formali o a carenze nella rappresentazione progettuale. Inoltre, l'amministrazione non può limitarsi a indicare i vizi del permesso di costruire e le norme urbanistiche con le quali il titolo stesso si pone in posizione di conflitto, ma deve esplicitare le concrete ragioni di interesse pubblico che giustificano l'adozione dell'atto di annullamento e compiere un'adeguata ponderazione di tutti gli interessi implicati, non essendo sufficiente il mero richiamo all'opportunità di ripristinare la legalità violata.