Il silenzio assenso formatosi sulla domanda di permesso di costruire può essere rimosso mediante l'esercizio del potere di annullamento di ufficio da parte del Comune, nel rispetto delle condizioni previste dall'art. 21-nonies della legge n. 241/1990, ovvero l'illegittimità dell'atto, la sussistenza di ragioni di interesse pubblico, l'esercizio del potere entro un termine ragionevole e la valutazione degli interessi dei destinatari e dei controinteressati rispetto all'atto da rimuovere. In assenza di tali presupposti, il provvedimento di diniego del permesso di costruire formatosi per silenzio assenso è illegittimo, in quanto carente degli elementi sostanziali dell'atto di annullamento. Il silenzio assenso, pur con i limiti previsti dalla legge, è applicabile al settore dell'edilizia e la pubblica amministrazione, pur potendo intervenire in autotutela, deve rispettare i presupposti e le condizioni stabiliti dalla normativa vigente per l'esercizio di tale potere, al fine di contemperare il ripristino della legalità con l'esigenza di rendere effettivamente praticabile l'istituto del silenzio accoglimento.