Il rilascio di un permesso di costruire da parte di un commissario ad acta regionale non può essere successivamente annullato in autotutela dal Comune, in assenza di gravi vizi di legittimità debitamente motivati e nel rispetto del contraddittorio procedimentale, quando le opere realizzate in forza di tale permesso non risultino abusive, ma conformi alla normativa urbanistica vigente, anche in relazione a modesti interventi di manutenzione o di adeguamento funzionale dell'immobile, quali la realizzazione di un varco di accesso o di una tettoia precaria. Inoltre, il diniego di un permesso di costruire in variante, adottato senza la preventiva comunicazione dei motivi ostativi ai sensi dell'art. 10-bis della legge n. 241/1990, è illegittimo, così come è illegittimo il diniego fondato su profili di incompatibilità con la viabilità pubblica non adeguatamente istruiti, senza richiedere chiarimenti o integrazioni documentali all'interessato. In tali casi, il principio di proporzionalità impone di valutare la possibilità di rilasciare il permesso in via condizionata, piuttosto che procedere al diniego.