Il diniego di permesso di costruire in sanatoria, emesso ai sensi dell'art. 36 del d.p.r. n. 380/2001, deve essere adeguatamente motivato dall'amministrazione comunale, anche quando intervenga a seguito del formarsi del silenzio rigetto sulla domanda di accertamento di conformità, in quanto il sopravvenuto provvedimento espresso non può intendersi come mera conferma di quello tacito, dovendo essere supportato da un'istruttoria completa e da una puntuale valutazione della compatibilità dell'intervento realizzato con la disciplina edilizia e urbanistica vigente. L'obbligo di motivazione, quale fondamentale proiezione attuativa del principio di trasparenza dell'azione amministrativa, impone all'amministrazione comunale di individuare in modo specifico le norme urbanistiche ed edilizie contrastanti con il progetto presentato, consentendo così all'istante di adeguare l'intervento, ove possibile, o di proporre impugnativa giurisdizionale. Il mancato espletamento dell'istruttoria completa, con l'acquisizione dei pareri consultivi normativamente previsti, integra un ulteriore vizio del provvedimento di diniego, che deve essere annullato per carenza di motivazione e di istruttoria.