Il provvedimento amministrativo di annullamento di un parere favorevole al condono edilizio, emesso dall'autorità competente, è illegittimo qualora risulti carente di istruttoria e di adeguata motivazione in relazione alle risultanze documentali prodotte dal privato, che dimostrino la conformità dell'intervento edilizio al titolo originario e la mancanza di un previgente vincolo di inedificabilità assoluta. In tali casi, il giudice amministrativo è tenuto ad annullare il provvedimento di annullamento, in quanto l'amministrazione non può disconoscere la legittimità di un intervento edilizio realizzato in conformità al titolo originario e in assenza di vincoli ostativi, solo sulla base di una erronea rappresentazione della realtà fattuale, senza adeguata istruttoria e motivazione. Inoltre, il potere di annullamento di un provvedimento favorevole al condono edilizio, esercitato dall'amministrazione centrale nei confronti di un provvedimento comunale, deve essere tempestivamente esercitato entro il termine di sessanta giorni dalla ricezione dell'atto e della relativa documentazione, a pena di decadenza, non rilevando la data di notifica del provvedimento comunale all'amministrazione centrale. Infine, il provvedimento di annullamento può essere adottato dal direttore generale competente, in quanto rientrante nell'attività gestionale e non in quella di indirizzo politico-amministrativo riservata agli organi di governo.