Il silenzio serbato ingiustificatamente dall'amministrazione comunale sull'istanza di rilascio del permesso di costruire, decorso il termine di legge, comporta l'obbligo per l'amministrazione di provvedere espressamente e motivatamente sulla stessa, con la conseguenza che, ove persista l'inerzia, il giudice amministrativo può nominare un commissario ad acta affinché adotti ogni opportuna determinazione sostitutiva. Infatti, il giudice amministrativo, nell'ambito della sua giurisdizione esclusiva a tutela di situazioni di interesse legittimo, non può accertare la formazione del silenzio-assenso, ma può soltanto ordinare all'amministrazione di provvedere espressamente, con la precisazione che l'eventuale esito positivo di tale verifica condizionerà il contenuto del provvedimento conclusivo, il quale avrà carattere meramente confermativo e dichiarativo dell'avvenuto rilascio per silentium del titolo edilizio richiesto, salvo l'eventuale esercizio del potere di autotutela, sussistendone i presupposti di legge. In tal modo, il giudice amministrativo tutela l'interesse del privato a ottenere una determinazione espressa e motivata da parte dell'amministrazione, senza peraltro sostituirsi ad essa nell'esercizio del potere discrezionale, ma limitandosi a ordinare l'adozione di un provvedimento espresso, il cui contenuto resta rimesso all'amministrazione, fatti salvi i limiti derivanti dalla formazione del silenzio-assenso. La condanna dell'amministrazione comunale alle spese di giudizio, inoltre, costituisce un ulteriore strumento di tutela dell'interesse del privato, disincentivando l'inerzia della pubblica amministrazione.