Il silenzio serbato dall'amministrazione comunale sull'istanza di rilascio del permesso di costruire, decorsi i termini previsti dalla legge, integra un'ipotesi di silenzio-inadempimento che legittima il ricorrente a proporre ricorso giurisdizionale per l'accertamento dell'illegittimità di tale comportamento omissivo e per ottenere l'ordine all'amministrazione di provvedere in via definitiva sull'istanza, con la nomina di un commissario ad acta in caso di persistente inerzia. Il ricorso proposto non può essere considerato tardivo quando le osservazioni prodotte dal ricorrente in risposta al preavviso di diniego siano qualificabili come nuova istanza di rilascio del permesso di costruire, ai sensi dell'art. 31, comma 2, secondo periodo, del codice del processo amministrativo. In tali ipotesi, il giudice amministrativo è tenuto ad accogliere il ricorso, ordinando all'amministrazione di provvedere definitivamente sull'istanza entro un termine perentorio e, in caso di ulteriore inerzia, nominando un commissario ad acta per l'adozione del provvedimento finale, con condanna dell'amministrazione al rimborso delle spese di giudizio sostenute dal ricorrente.