Il silenzio-assenso formatosi su una domanda di concessione edilizia in sanatoria può essere rimosso dal Comune solo attraverso il corretto esercizio del potere di annullamento in autotutela, nel rispetto delle garanzie procedimentali previste dall'art. 21-novies della legge n. 241/1990, con l'obbligo di dare comunicazione dell'avvio del procedimento, rilevare l'eventuale originario vizio di legittimità e rendere una congrua motivazione sull'interesse pubblico specifico, concreto ed attuale all'annullamento, anche in relazione alla posizione del destinatario che aveva confidato nella stabilità del provvedimento. L'applicazione retroattiva di norme successive che precludono il rilascio della concessione edilizia in sanatoria, come l'art. 39 della legge n. 724/1994 sulla base di condanne penali, è illegittima quando il procedimento amministrativo si era già concluso per silenzio-assenso, in quanto viola il principio di irretroattività della legge. Pertanto, il provvedimento di diniego della concessione edilizia in sanatoria e l'ordine di demolizione e ripristino dello stato dei luoghi, adottati in violazione di tali principi, sono illegittimi.