Il silenzio-assenso formatosi a seguito della mancata pronuncia dell'amministrazione sulla domanda di permesso di costruire entro il termine previsto dalla legge non preclude all'amministrazione l'esercizio del potere di autotutela, purché il provvedimento di annullamento in autotutela sia adottato nel rispetto dei principi di buon andamento e imparzialità dell'azione amministrativa, nonché dei limiti temporali e procedimentali stabiliti dalla legge. L'amministrazione, infatti, può annullare in autotutela il permesso di costruire formatosi per silenzio-assenso qualora accerti la sussistenza di vizi di legittimità dell'atto, come l'incompatibilità dell'intervento edilizio con la destinazione urbanistica dell'area o l'assenza di elementi essenziali del progetto, purché tale valutazione sia adeguatamente motivata e il relativo procedimento sia svolto nel rispetto del contraddittorio e del diritto di difesa del privato. Tuttavia, l'esercizio del potere di autotutela non può essere arbitrario o sproporzionato, ma deve essere improntato a criteri di ragionevolezza e proporzionalità, tenendo conto degli interessi in gioco e del principio di tutela dell'affidamento del privato. Pertanto, l'annullamento in autotutela del permesso di costruire formatosi per silenzio-assenso è legittimo solo ove l'amministrazione dimostri in modo congruo e convincente la sussistenza di un interesse pubblico prevalente rispetto a quello del privato, che giustifichi la riesaminazione dell'atto e la sua eliminazione dall'ordinamento giuridico.