Il decorso infruttuoso del termine per l'adozione del provvedimento conclusivo del procedimento di rilascio del permesso di costruire, in assenza di motivato diniego da parte dell'amministrazione competente, determina la formazione del silenzio assenso, fatti salvi i casi in cui sussistano vincoli relativi all'assetto idrogeologico, ambientali, paesaggistici o culturali. Il silenzio assenso così formatosi produce gli stessi effetti di un provvedimento espresso di accoglimento della domanda e, pertanto, l'amministrazione che intenda riesaminare la fattispecie concreta e rideterminarsi sulla vicenda deve procedere con i poteri di autotutela di cui all'art. 21-nonies della legge n. 241/1990, non potendo adottare un provvedimento di diniego tardivo e in violazione della disciplina sul silenzio assenso. Ove l'amministrazione non proceda all'annullamento in autotutela del titolo edilizio tacitamente formatosi, il giudice amministrativo è tenuto ad accertare l'intervenuta formazione del silenzio assenso e ad annullare gli atti di diniego o diffida adottati in violazione di tale istituto.