Il principio di diritto fondamentale che emerge dalla sentenza è il seguente: L'Amministrazione, nell'ambito di un procedimento amministrativo, è tenuta a motivare adeguatamente le proprie determinazioni in relazione alle controdeduzioni formulate dal destinatario dell'azione amministrativa, non potendosi limitare ad affermazioni apodittiche circa la loro infondatezza. Il mancato esame e la mancata confutazione puntuale delle argomentazioni e delle prove prodotte dal privato integrano un difetto di motivazione, sindacabile in sede giurisdizionale, in quanto indice di violazione dei canoni di coerenza interna e di razionalità della valutazione amministrativa. L'Amministrazione deve, pertanto, esaminare nel merito le deduzioni del privato, dando conto delle ragioni che hanno condotto al loro rigetto, in ossequio al principio di partecipazione procedimentale di cui all'art. 10-bis della legge n. 241 del 1990. Inoltre, nel ricalcolo di indici o parametri di riferimento, l'Amministrazione deve tenere conto della situazione complessiva dell'azienda interessata, considerando anche l'evoluzione temporale della stessa e gli effetti degli investimenti programmati, senza limitarsi a valutazioni parziali o astratte.