Il provvedimento amministrativo di diniego di un permesso di costruire deve essere adeguatamente motivato, con l'indicazione specifica delle ragioni ostative all'accoglimento dell'istanza, senza limitarsi ad affermazioni apodittiche o a rinvii generici ad atti istruttori. L'amministrazione è tenuta a svolgere una compiuta istruttoria, chiarendo eventuali perplessità o dubbi, e a riesaminare la domanda, esercitando il proprio potere discrezionale, qualora il provvedimento di diniego sia stato annullato in sede di ricorso straordinario al Presidente della Repubblica. Il mancato riesercizio del potere amministrativo in ottemperanza al decreto presidenziale che ha accolto il ricorso straordinario integra un inadempimento dell'obbligo di conformarsi alla decisione giurisdizionale, comportando la condanna dell'amministrazione alle spese di giudizio.