Il provvedimento amministrativo di diniego deve essere adeguatamente motivato, indicando in modo chiaro e completo i presupposti di fatto e le ragioni giuridiche che hanno determinato la decisione dell'amministrazione. La mancanza di una motivazione esplicita e puntuale, che consenta di comprendere il percorso logico seguito dall'autorità competente, determina l'illegittimità del provvedimento per violazione dell'art. 3 della legge n. 241/1990. Inoltre, l'amministrazione è tenuta a valutare compiutamente la domanda di variante in corso d'opera presentata dal privato ai sensi dell'art. 15 della legge n. 47/1985, verificando la sussistenza dei presupposti normativi e motivando adeguatamente l'eventuale diniego. Il mancato rispetto di tali principi comporta l'annullamento del provvedimento impugnato, ferma restando la possibilità per l'amministrazione di adottare ulteriori provvedimenti legittimi.